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表观遗传学

发布时间:2023-07-26 04:22:00

表观遗传学是1980年代逐渐兴起的一门学科,是在研究与经典的孟德尔遗传学遗传法则不相符的许多生命现象过程中逐步发展起来的。经典遗传学(genetics)是指由于基因序列改变(如基因突变等)所引起的基因功能的变化,从而导致表型发生可遗传的改变;而表观遗传学(epigenetics)则是指在基因的DNA序列没有发生改变的情况下,基因功能发生了可遗传的变化,并最终导致了表型的变化。表观遗传的现象很多,已知的有 DNA甲基化 (DNA methylation),基因组印记 (genomic imprinting),母体效应 (maternal effects),基因沉默 (gene silencing),核仁显性,休眠转座子 激活和RNA编辑 (RNA editing) 等。

 

DNA甲基化修饰 

DNA甲基化(DNA methylation)为DNA 化学修饰的一种形式,能够在不改变DNA序列的前提下改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧 啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、 DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达 。组蛋白和 DNA 会通过以下一系列蛋白出现表观遗传修饰或标记:1)通过添加表观遗传标记来诱导变 化(写入蛋白); 2)移除表观遗传标记来改变现有状态(擦除蛋白); 3)对特定表观遗传标记有反应(读取 蛋白)。 

 

DNA 甲基化的写入蛋白

DNA 甲基化的写入蛋白称为DNA甲基转移酶(DNMT)。DNMT1是DNA甲基转移酶(DNMT)写入蛋白 家族的一员,它在增殖细胞中表达,负责在DNA复制期间以一种新型子代DNA链形式复制甲基化模式 DNMT3L帮助靶向和调控DNMT3A/3B功能, 并在重新甲基化中发挥作用。DNMT3L是DNMT3A/B的 一个非催化同源物, 可帮助它们结合靶标DNA。PCNA、UHRF1、DMAP1、DNMT3L和组蛋白脱乙 酰酶(HDAC)等其他蛋白可用于靶向DNMT蛋白至相应基因组区域,调控其甲基转移酶活性,并使其他 表观遗传标记与 DNA 甲基化保持协调。

 

DNA 甲基化的擦除蛋白

5-甲基胞嘧啶是一个由DNMT3A和DNTM3B重新写入的并由DNTM1维持的阻遏标记,最初被认为在 DNA 复制期间被动缺失。但之后的研究表明,10-11 易位(TET)擦除蛋白家族会催化甲基化胞嘧啶的 氧化。TET1、TET2或TET3介导5-甲基胞嘧啶(5-mC)到5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC),再到5-甲酰胞嘧 啶(5-fC)和5-羧基胞嘧啶(5-caC)的顺序氧化会导致5-mC含量降低。5-fC和5-caC是瞬时中间物, 通 常会通过依赖于胸腺嘧啶DNA糖基化酶(TDG)的碱基切除修复(BER)被切除。 

 

DNA 甲基化的读取蛋白 

甲基-CpG-结合结构域蛋白(MBD)读取蛋白家族成员可以检测和读取在发育期间出现的重新甲基化形式。尤其是MeCP2、MBD1和MBD2/4读取蛋白会读取甲基化标记并募集多种辅阻遏蛋白(如DNMT1 和组蛋白脱乙酰酶HDAC1和HDAC2),从而构建和维持转录失活的染色质区域。

DNA甲基化相关靶标 产品货号 产品名称 反应种属 应用
Writers db8356 Dnmt1 Rabbit pAb Human WB,ICC/IF,FC,IP
db839 Dnmt1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db12139 Dnmt1 Recombinant Rabbit mAb Human WB,ICC/IF,FC,IP
db8532 Dnmt3a Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db3543 Dnmt3a Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,ICC/IF,FC
db12509 Dnmt3a Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
Readers db21900 MBD1 Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,IP
db3288 MBD2 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db11623 MBD2 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db1208 MBD3 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,ICC/IF,FC,IP

 

组蛋白修饰

组蛋白主要存在5类组蛋白,即H1、H2A、H2B、H3和H4。组蛋白修饰(histone modification)是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。组蛋白的修饰除了会影像组蛋白和DNA的结构从而改变染色质的结构外,还可以影响转录因子与DNA某些区域的结合来调控基因表达。 

 

组蛋白的甲基化修饰

组蛋白甲基化是由组蛋白甲基化转移酶(histonemethyl transferase,HMT)完成的。甲基化可发 生在组蛋白的赖氨酸和精氨酸残基上,而且赖氨酸残基能够发生单、双、三甲基化,而精氨酸残基能 够单、双甲基化,这些不同程度的甲基化极大地增加了组蛋白修饰和调节基因表达的复杂性。甲基化的作用位点在赖氨酸(Lys)、精氨酸(Arg)的侧链N原子上。组蛋白H3的第4、9、27和36位,H4的第20位Lys,H3的第2、l7、26位及H4的第3位Arg都是甲基化的常见位点。研究表明,组蛋白精氨酸甲基化是一种相对动态的标记,精氨酸甲基化与基因激活相关,而H3和H4精氨酸的甲基化丢失与基因沉默相关。相反,赖氨酸甲基化似乎是基因表达调控中一种较为稳定的标记。

组蛋白甲基化相关靶标 产品货号 产品名称 反应种属 应用
甲基化酶 db20370 KMT4 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db13343 KMT4 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db20321 KMT6 Rabbit pAb Human WB
db11693 KMT6 Recombinant Rabbit mAb Human WB
db3410 KMT6/EZH2 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db6136 PRMT1 (4E9) Mouse mAb Human WB
db9803 PRMT1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db9804 PRMT1 Rabbit pAb Human,Mouse WB,IHC
db13579 PRMT1 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db5608 PRMT3 Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,IP
db13113 PRMT3 Recombinant Rabbit mAb Human WB,IHC,ICC/IF,IP
db6024 PRMT6 (2C3) Mouse mAb Human,Mouse,Rat,Monkey WB,IHC-F,IHC-P,ICC/IF
db6649 PRMT6 Mouse mAb Human,Monkey WB,IHC-P,ICC/IF
db735 PRMT6 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB
db4019 PRMT7 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB
db11497 PRMT7 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB
去甲基化酶 db3275 KDM1/LSD1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db12048 KDM1/LSD1 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db6007 KDM1A (1E5) Mouse mAb Human WB,ICC/IF,IP
db6394 KDM1A (1B2) Mouse mAb Human,Mouse,Monkey WB
db8675 KDM4A Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,IP
db11249 KDM4A Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,IP
db1871 KDM4B/JMJD2B Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db12931 KDM4B/JMJD2B Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
组蛋白 db448 Histone H1.0 Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF
db655 Histone H1.0 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF
db13453 Histone H1.0 Recombinant Rabbit mAb Human WB,IHC,ICC/IF
db5729 Histone H2A.X Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db9726 Histone H2A.X Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db13705 Histone H2A.X Recombinant Rabbit mAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db6476 Histone H2B (7E2) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC-P
db7635 Histone H2B Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db8026 Histone H2B Rabbit pAb Human,Mouse WB,IHC,IP
db14625 Histone H2B Recombinant Rabbit mAb Human, Mouse, Rat WB,IHC,IP
db972 Histone H3 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db772 Histone H3 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,ICC/IF,IP
db12105 Histone H3 Recombinant Rabbit mAb Human, Mouse, Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db6641 Histone H3 Rabbit pAb (HRP) Human,Mouse,Rat WB
db7334 Histone H3.3 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF
db12011 Histone H3.3 Recombinant Rabbit mAb Human, Mouse, Rat WB,IHC,ICC/IF
db1960 Histone H4 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,ChIP
db14839 Histone H4 Recombinant Rabbit mAb Human, Mouse, Rat WB,IHC,ICC/IF,ChIP
甲基化组蛋白 db6448 MonoMethyl-Histone H3 (Lys79) (4A1) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB
db6506 MonoMethyl-Histone H3 (Lys79) (6H1) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB
db6507 MonoMethyl-Histone H3 (Lys79) (9E3) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB
db6455 MonoMethyl-Histone H3 (Lys9) (10F5) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB
db6450 DiMethyl-Histone H3 (Lys27) (5F6) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB,IP,ICC/IF
db6454 DiMethyl-Histone H3 (Lys9) (10B2) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB
db3093 TriMethyl-Histone H3 (Lys27) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP,ChIP
db6503 TriMethyl-Histone H3 (Lys36) (7G6) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB
db3228 TriMethyl-Histone H3 (Lys4) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,ICC/IF,FC,IP,ChIP
db13742 TriMethyl-Histone H3 (Lys27) Recombinant Rabbit mAb Human, Mouse, Rat WB,IHC,ICC/IF,IP,ChIP
db6447 TriMethyl-Histone H3 (Lys79) (6A6) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC-F,IHC-P,ICC/IF,IP
db6504 TriMethyl-Histone H3 (Lys79) (9G4) Mouse mAb Human,Mouse,Rat WB

 

组蛋白的乙酰化修饰

组蛋白乙酰化主要发生在H3、H4的N端比较保守的赖氨酸位置上,是由组蛋白乙酰转移酶和组蛋白 去乙酰化酶协调进行。组蛋白乙酰化呈多样性,核小体上有多个位点可提供乙酰化位点,但特定基 因部位的组蛋白乙酰化和去乙酰化是以一种非随机的、位置特异的方式进行。乙酰化可能通过对组 蛋白电荷以及相互作用蛋白的影响,来调节基因转录。有研究发现,某些HAT复合物含有一些常见的转录因子,某些HDAC复合物含有已被证实的阻遏蛋白。这些发现支持了高乙酰化与激活基因表达、低乙酰化与抑制基因表达有关的看法。

组蛋白乙酰化相关靶标 产品货号 产品名称 反应种属 应用
乙酰化酶 db8671 KAT1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db12046 KAT1 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db765 KAT1/HAT1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,IP
db11751 KAT1/HAT1 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,IP
db7118 GCN5 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IP
db12975 GCN5 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IP
db21442 KAT7 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db13014 KAT7 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db4138 KAT7/Hbo1/MYST2 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,FC
db762 SRC1 Rabbit pAb Human WB,IHC,IP
db6003 Transcription Initiation Factor IIB (2F6) Mouse mAb Human WB
db22805 Transcription Initiation Factor IIB Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IP
db11378 Transcription Initiation Factor IIB Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IP
去乙酰化酶 db6049 CHD3 (7F6) Mouse mAb Human,Mouse WB,ICC/IF,IP
db5878 CHD3 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db2791 CHD3 Rabbit pAb Mouse WB,IHC,ICC/IF
db6538 HDAC1 (3F5) Mouse mAb Human,Mouse,Rat IHC-P
db2407 HDAC1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB
db11944 HDAC1 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB
db6345 HDAC2 (2D9) Mouse mAb Human,Mouse,Rat,Monkey WB,ICC/IF
db2911 HDAC2 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db3013 HDAC2 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db11911 HDAC2 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db6014 HDAC4 (4A3) Mouse mAb Human,Mouse WB,IP
db9994 HDAC9 Rabbit pAb Human,Rat WB,IHC,ICC/IF
db14340 HDAC9 Recombinant Rabbit mAb Human, Rat WB,IHC,ICC/IF
db6235 SIRT1 (2G10) Mouse mAb Human WB,IP
db1531 SIRT1 (Ser47) Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF
db1518 SIRT1 (Thr530) Rabbit pAb Human WB
db7122 SIRT1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db2844 SIRT1 Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db14034 SIRT1 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db6071 SIRT2 (1D4) Mouse mAb Human,Monkey WB,ICC/IF
db8257 SIRT2 Rabbit pAb Human,Rat WB,ICC/IF,FC,IP
db1843 SIRT2 Rabbit pAb Human,Rat WB
db3153 SIRT2 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,IP
db13593 SIRT2 Recombinant Rabbit mAb Human, Rat WB
db6074 SIRT6 (6C9) Mouse mAb Human WB,ICC/IF,IP
db4655 SIRT6 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db8104 SIRT6 Rabbit pAb Human WB
db13509 SIRT6 Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
乙酰化组蛋白 db3635 Acetyl-Histone H3 (Lys27) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP,ChIP
db11759 Acetyl-Histone H3 (Lys27) Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP,ChIP
db6557 Acetyl-Histone H3 (Lys9) (10F10) Mouse mAb Human,Mouse,Rat IHC-P
db698 Acetyl-Histone H3 (Lys9) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP,ChIP

 

组蛋白的磷酸化修饰 

组蛋白磷酸化是细胞分裂、转录调控和 DNA 损伤修复过程中染色体浓缩的关键中间步骤。与乙酰 化和甲基化不同,组蛋白磷酸化建立了其他组蛋白修饰之间的相互作用,并充当效应蛋白的平台, 导致下游级联事件。磷酸化发生在所有核心组蛋白上,并且对每一个核心组蛋白都有不同的作用。 组蛋白H3在丝氨酸10和28上的磷酸化,以及组蛋白H2A在T120上的磷酸化参与了染色质致密化以 及有丝分裂过程中染色质结构和功能的调节。 这些是细胞周期和细胞生长的重要标志,在真核生物中得以保留。

组蛋白磷酸化相关靶标 产品货号 产品名称 反应种属 应用
磷酸激酶 db7369 AMPK alpha 1 (Thr183)/AMPK alpha 2 (Thr172) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB
db1167 AMPK alpha 1 Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db1662 PKC alpha (Thr638) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db2373 PKC alpha Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db13040 PKC alpha Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db20232 Phospho-PKC alpha (Ser657) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db11446 Phospho-PKC alpha (Ser657) Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db22823 Phospho-PKC (Ser660) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db12603 Phospho-PKC (Ser660) Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC
db113 MSK1 (Ser360) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,ICC/IF,IP
db1798 MSK1 (Ser376) Rabbit pAb Human,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db20156 CKII alpha Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,FC
db6083 Aurora A (2E3) Mouse mAb Human,Mouse WB,ICC/IF
db7355 Aurora A Rabbit pAb Human WB,IHC,IP
db2045 Aurora B Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,IP
db11909 Aurora B Recombinant Rabbit mAb Human WB,IHC,ICC/IF,IP
db6518 Survivin (8B9) Mouse mAb Human,Rat WB,IHC-P
db730 Survivin Rabbit pAb Mouse,Rat WB,IHC,IP
db1722 Survivin Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC
db9884 Survivin Rabbit pAb Human WB,ICC/IF,FC,IP
db2122 Survivin Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC,IP
db13862 Survivin Recombinant Rabbit mAb Human WB,ICC/IF,FC,IP
磷酸化组蛋白 db248 Phospho-Histone H3 (Thr3) Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC
db14483 Phospho-Histone H3 (Ser28) Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db13561 Phospho-Histone H3 (Ser10/Thr11) Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db13628 Phospho-Histone H3 (Ser28) Recombinant Rabbit mAb Human WB
db13191 Phospho-Histone H2A.X (Ser139) Recombinant Rabbit mAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db6251 Phospho-Histone H2A.X (Ser139) (7G9) Mouse mAb Human, Mouse WB,ICC/IF
db6249 Phospho-Histone H2A.X (Ser139) (2A9) Mouse mAb Human, Mouse WB,ICC/IF
db21026 Phospho-Histone H3 (Thr11) Rabbit pAb Human, Rat WB
db7617 Phospho-Histone H2A.X (Ser139) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db22194 Phospho-Histone H3 (Ser28) Rabbit pAb Human WB
db21276 Phospho-Histone H3 (Ser10/Thr11) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,IP
db5715 Phospho-Histone H3 (Ser28) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db5651 Phospho-Histone H3 (Ser10) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF
db3227 Phospho-Histone H2A (Thr120) Rabbit pAb Human WB,IHC
db2117 Phospho-Histone H3.3 (Ser31) Rabbit pAb Human,Mouse,Rat WB,IHC,ICC/IF,FC
db11513 Phospho-Histone H3 (Thr3) Recombinant Rabbit mAb Human WB,IHC,ICC/IF,FC

 

组蛋白的其他修饰

组蛋白还有泛素化、羟基化和腺苷酸化等其他修饰类型,这些修饰都发生在组蛋白的不同残基上,影 响了染色体的结构和功能,调控了相关的基因表达。

组蛋白其他修饰相关靶标 产品货号 产品名称 反应种属 应用
泛素化酶 db22900 Ube2L6 Rabbit pAb Human WB,IHC,ICC/IF,IP
db1873 RNF20 Rabbit pAb Human,Mouse WB,ICC/IF,FC,IP

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